А вы, простите, ХОЛОДИЛЬНИК на кухне "на ночь" или "когда дома никого нет" не отключаете? Ну вот и с фильтром так.
Аквариумные фильтры (все, и внешние и внутренние) - приборы непрерывной работы, рассчитанные на непрерывную работу без остановок. Наоборот, если у вас отключилось электричество, и фильтр часа два-три простоял отключенным, то крайне желательно его после этого промыть.
Фильтруют аквариумную воду в фильтре не столько всякие губки и прочие наполнители, сколько полезные бактерии, которые на этих губках и наполнителях живут. За два-три часа в стоячем фильтре они тупо сдохнут от удушья, и даже успеют частично загнить.
В общем, читайте на сайте материалы по основам аквариумной фильтрации! Легко находятся через встроенный поисковик.

ФИЛЬТР ОТКЛЮЧАТЬ НЕЛЬЗЯ!!! в нем поселяются полезные бактерии, если произошла остановка фильтра более чем на 2 часа, они гибнут, и при дальнейшем включении фильтра распространяются по вашему аквариуму, со всеми вытекающими, неприятным последствиями. После подобной остановки (что нежелательно) должна быть полная промывка фильтра. В противном случае это может привести к массовой гибели рыб...

Здравствуйте! А растения??? Освещение нужно прежде всего им... Фильтр есть? Читали про запуск аквариума тут http://aquaria2.ru/node/6093 и тут http://aquaria2.ru/node/2326 и далее по ссылкам, приведенным в конце указанного материала...
Очень многие ищут инфекцию в грунте, корягах и т.п. в большинстве случаев зря... дело все не в инфекции, а наоборот в стерильной чистоте, которую аквариумист - чайник пытается навести в аквариуме... Должна сформироваться определенная микрофлора из различных бактерий, которая и будет поддерживать жизнь в аквариуме, но для её формирования нужно время и условия, не поленитесь почитайте ссылки, там много полезного. Я думаю Вы найдете ответы на многие вопросы.

А как запускали аквариум? Не называйте растения водорослями, это не верно...