Наши знания об естественных биотопах криптокорин в последние годы существенно возросли. Среди многочисленных работ особенно стоит выделить публикации Schulze (1971b, 1978), Horst (1983, 1986), Jacobsen (1976, 1980, 1982, 1985a, 1986, 1991) и Jacobsen & Bogner (1986, 1987). Эти исследования показали, что криптокорины, которые, предположительно, все имеют одно общее происхождение, в ходе эволюции завоевали крайне различные места обитания. У многих лишь весьма ограниченные, эндемические зоны распространения. Местами обитания в целом являются водоемы с более или менее быстрым течением, их берега, а также лужи, оставшиеся в заливных зонах, которые периодически высыхают (временные водоемы). Некоторые криптокорины обитают в реках вблизи морей, на состав воды которых влияют приливы и отливы.

К важнейшим экологическим факторам, которые оказывают влияние на появление криптокорин, относятся химический состав воды, а также состав грунта.

Опубликованные данные анализов воды в естественных биотопах наглядно показывают, что состав воды, в особенности рН и жесткость имеют совершенно особое значение для роста растений. Если криптокорины со Шри-Ланки обычно встречаются в водоемах, в которых рН от слабокислого до слабощелочного, a GH преимущественно от средней жесткости до жесткой, то биотопы криптокорины на Борнео и полуострове Малакка большей частью отличаются очень мягкой средой. Поэтому неудивительно, что виды со Шри-Ланки (за исключением С. bogneri, С. thwaitesii, С. alba) лучше подходят для аквариумной культуры, нежели криптокорины из биотопов с типично черной водой с о. Борнео или полуострова Малакка.

Качество грунта также является существенным экологическим фактором, важным для многих видов Cryptocoryne. В естественной среде криптокорины растут на различных почвах. Виды растений из ручьев и рек влажных тропических лесов живут в глинистой или илистой почве с высоким содержанием железа, у которой благодаря отмершим растительным частицам высокое содержание гумуса. В то же время уровень рН находится в сильнокислом диапазоне. В ручьях и реках с песчано-галечным грунтом и быстрым течением напротив, обычно проявляется слабокислая реакция.

Помимо названных отдельных факторов следует назвать интенсивность освещения. Большинство криптокорин полуострова Малакка, с Борнео и Суматры растут как в полузатененных биотопах, так и в полной тени; биотопы под прямыми лучами солнца встречались лишь изредка у криптокорин из Шри-Ланки.