Понятно. Площадь покровного стекла = площадь аквариума минус площадь лотка фитофильтра.

Если он сдвинут к задней стенке (посередине можно, но некузяво) и имеет ширину 10-12 см. - соответственно, он эту ширину перекрывает собой. Остальное - закрываете стеклом, стеклами как обычно (и как вам удобно - кладете на стяжки, ребра и т.п.) При необходимости можно и на ФФ наклеить полоску, котора может служить опорой стеклам.
Слив в этом случае у ФФ (по технически понятным причинам) должен быть СНИЗУ.
Лоток должен быть ВЫШЕ уровня воды (хотя бы частично - см. пост выше).
Ступеньки. Одна ступенька - стекло. Другая (выше) - лоток. Дно лотка надежно перекрывает поверхность аквариума. Так понятнее?

Где находится относительно уровня воды верхнияя граница субстрата (если это встроенный лоток - почти однозначно - не гравий, а чего полегче - керамзит, лава) - в принципе - по-барабану.

Принципиально где находится уровень воды в ФФ (постоянный), т.е. дно относительно уровня воды. Потому как от этого зависит подбор растений - многих устраивает постоянно влажный субстрат, но от постоянного высокого уровня воды в нем у некоторых гниют корни. И им это категорияески не нравится (каким-то - вообще, каким-то - по сезону). Поэтому, с учетом закона сообщающихся сосудов, допускать в ФФ постоянный уровень выше трети-четверти от дна (при общей глубине 10-15 см, глубже его делать тоже, в общем-то бессмысленно, с точки зрения эффективности гравийных фильтров) нежелательно - сужает круг допустимой флоры.

Если эксплуатировать его как влажную тепличку - этим можно пренебречь (ее обитатели чаще ровно и спокойно сидят в воде едва не по уши), но если ФФ "сухой" (и население совсем другое, подчас - "подоконнико-комнатное", да к тому, по возможности - неубиваемое) - вероятны осложнения. Почти незаметные летом, но чреватые потерями в зимний период (чаще всего именно в период некоторого покоя и недостатка света от излишка воды начинают гнить корни).
Я не вел специальной статистики, но для некоторых лиан и калл вышесказанное срабатывает практически 100%.

ЗЫ. Про покровные стекла - теперь не понял. Стекла на аквариуме, так? Если ФФ на стене - какая связь? Нужна только щель или дырки (вырезанные углы, например) для подающей и сливной трубок.

Шум. Шум регулируется сечением трубки и расстоянием до поверхности (и направлением струи).
В принципе, есть невероятное количество острумных способов борьбы с ним, вплоть до слива на крупнопористую губку как для фильтра (или через расширение, воронку с таковой, а с нее или через нее - в аквариум)...
Но, в действительности, это творчество ради творчества. Так как имея ножницы и кусок садового шланга (для слива) проблема решается эмпирически минуты за две больше без ничего. Ну, на первый раз - за три.

Рад встретить единомышленника!
Я чуть больше года назад начал делать конструкции ФФ палюдариумного типа тема здесь:
http://www.aqa.ru/forum/viewthread.php?tid=5...
Мне показалась эта идея интереснее, чем создание обычного ФФ. Сначала были трудности из-за недостатка опыта, особенно по растениям, но потом всё нормально пошло. Правда сейчас эти конструкции оказались не нужны, поскольку рыб стало значительно меньше.

Ух ты, какая высокая тумба. По любому, верхний срез грунта в фитофильтре должен быть чуть выше максимального уровня воды в акварикме. Горшок/поддон - это сантиметров 15, так? У вас будет очень трудно его обслуживать, со стремянкой, наверное. У меня тоже высоковато, поэтому я сделал стеклянную часть съемной, а то, можно было бы взять аквариум из оргстекла, насверлить дырки для ввода/вывода воды, а обслуживать сверху...
По вашему случаю - до потолка около 1м в одном случае и 70см в другом. У меня, например, стеклянная часть высотой около 50см., т.е. реально уместить у вас вполне. А лампа подвесная чем мешает? Вам надо крепить фитофильтр сзади аквариума прямо над ним, там где у вас сейчас горшки с растениями стоят. К нему надо будет крышечку делать (а то, испарения сверху выходить будут) и на нее освещение приладить. При том, сам горшок вы можете опустить так, чтобы его верх был вровень или чуть выше верха аквариума, соответственно эти 10-15см вы тоже выгадываете.

не получится - не наша квартира.