Если уж на химию пошли, медный купорос дешевле всего, быстро и напрочь убивает всех беспозвоночных.
Но я бы не стал им в общем аквариуме. Штука токсичная, неправильной дозировкой можно рыб перебить. Всякие боции, ножи и др. нежные рыбы соединения меди не переносят

Могут и не пережить.

Можно поднять температуру воды до 42 градусов (только вот чем?), но предварительно убрав из аквариума рыб.
или применить 5% Флубенол/Флюбенол (Флубендазол/Флюбендазол) по 2г на 100л воды (или 2мг/л), правда он тоже убивает улиток. Через 5—7 дней сменить 50% воды.
Предварительно препарат развести в небольшом количестве воды, а затем вливать в аквариум. Препарат очень плохо растворяется в воде, но хорошо растворяется в ацетоне. В аквариуме образует белёсый осадок.
Справка: 5% Flubenol — порошок для обработки домашней птицы

Попробуйте препарат Sera Snailpur. Неплохо справляется, но гробит и улиток. Иногда им гробятся и некоторые рыбы: коридорасы, разные виды барбусов. Штука сильная, но непредсказуемая. И после внесения надо через пару часов заменить от трети до половины воды. Тягомотно, конечно. Но гидр валит на 100%.
P.S. Вот, кстати, подробное описание Sera Snailpur

Из биологических вариантов - думаю остается только посадка рыб, употребляющих гидру в пищу. Например, как рекомендовал Ваге.

несколько часов, потом повторяешь процедуру.
и так до полного исстребления.