Да. Планки менять местами смысла нет.

Естественно, от виртуальной машины комп будет сильно тормозить...

Смотри на Zalman-ы для Socket 478, желательно такие, у которых уровень шума указан мешьше 25дБ. Тогда его вообще слышно не будет. Но Залманы недешевые.
Вот например хороший вариант:
ZALMAN Cooler for Socket 478/462/754/939/940 (Fan speed contr., 20-25дБ, 1350-2400об/мин, Cu)
Полностью медный радиатор, шум всего 18 дБ в режиме Silent Mode - совершенно не будет слышно, после этого уже будет напрягать только шум от винчестеров. Но 36уе.

Поздравляю! Долгой службы!
Те, которые маленькие черные это как раз 2хSATA
белый квадратный - под него на материнской плате соответствующий разъем бывает где-нибудь возле процессора. Это дополнительное питание 12В для проца, если есть, его желательно воткнуть туда, он облегчит нагрузку на шины питания на материнке. Еще один белый прямоугольный - он тебе не нужен, это дополнительный конектор, который на новых материнках только ставится вместо квадратного. А плоские белые, которые к IDE винтам и оптике - это и есть то, что они называют HDD - их вроде 6 штук должно было быть. И еще должен быть один маленький плоский совсем белый (как бумага) - это FDD (к флопику).

Это кулер на процессоре. В принципе, можно заменить вентилятор, но там конектор трехпроводный обычно бывает - с регулятором оборотов.

Лучше, конечно, весь кулер заменить, а не только вентилятор, но его снимать определенная сноровка нужна и термопасту на процессор правильно наносить надо будет (тонким равномерным слоем - так, чтобы максимально тонко было и при этом чтобы ничего не просвечивало). Но хороший бесшумный кулер - это конечно правильное решение.

Усё ясно, значит буду покупать тот, что Ваге выбрал.
Спасибо.