Перенаселение может быть и есть, но не сказать что такое, что рыбы должны начать гибнуть. Тем более, что они пока мелкие. Фильтрация должна справляться.
Причина в чем-то другом. Возможно какая-нибудь болячка бактериальная.

Вчера поменяла 1/3 воды. сегодня утром заметила, что гуппи вроде чувствует себя нормально (активно плавает, проявляет интерес к еде), но заболел меченосец. Симптомы примерно те же что были у гуппи. К обеду меченосец сдох, при этом остальные рыбки (барбусы и анциструсы) активно плавают, признаков болезни не проявляют. Что же мне делать, как помочь рыбкам

аквариум запустили месяц назад, рыбок посадили примерно неделю назад. Рыбки все еще маленькие, барбусы примерно по 1,5 см

Может удалить из аквариума всех барбусов?Или наоборот оставить только их и анциструсов.Хотя 45литров по моему больше подойтет только для первого варианта. В вашем случае рыбы травят сами себя своими собственными испражнениями.Необходимо совершать более частые подмены воды с сифонкой грунта и очень не плохо былобы обустроить хотябы небольшой фитофильтр.Но наилучший совет это приобрести аквариум по больше,хотябы на 100литров.Помните чем больше банка тем с ней проблем меньше и хлопот, а никак не наоборот.