Проблема в том, что я хочу по максимуму убрать из банки всё, что только можно. но в этом случае, что можно сделать? просто наружную перекачку сделать или перед помпой ещё уголь положить?

Если я Вас правильно понял, то Вы хотите брать воду из-под второва дна, следовательно она будет проходить через грунт, потом вода поступает во внешний биофильтр и затем в аквариум.
Я не вижу в этом необходимости, т.к. в таком случае грунт это тот же самый биофильтр. Нет необходимости использовать два биофильтра. сделайти что то одно.