Как я это делала в течение шести лет...
В качестве рабочих ёмкостей я использовала обычные стеклянные 800 граммовые банки, на горлышко которых одевала мешочек для угля Hagen, но можно сшить мешочек из капрона или газа, либо использовать дамские колготки/чулки/носки. Можно, видимо, использовать марлю в 2-3 сложения, но велика вероятность застревания и гибели в ней пытающихся выбраться мух. В качестве питательного субстрата для насекомых и личинок, как правило, я делала довольно крутую кашу из манной крупы с добавлением изюма, сахара, сухого молока. Без всякого агара или желатина. Когда каша готова и чуть остыла, нужно добавить туда немного дрожжей и перемешать. Собственно, я не заморачивалась с ловушками из банок со вставленной в них воронкой или обрезанных бутылок, а сразу оставляла незакрытую банку для налета дрозофилы, а через 2-3 дня, когда обнаглевшие насекомые в количестве 10-20 штук дружно тусили в этом маленьком уютном райском местечке, я быстро одевала капроновый мешочек на горлышко банки. Собственно, так первая рабочая популяция была получена. Для того, чтобы выгнать мух из объема банки в мешок, достаточно затемнить саму стекляшку, поднять кверху мешочек и осторожно встряхнуть банку. Без привычки, лучше делать это на балконе или на лестнице, лучше так, чтобы соседи не видели... Часть мух после снятия мешочка, может разлететься. Для предупреждения этого, можно использовать хитрую конструкцию двойной сдвигающейся крышки. Для этого в крышке вырезается дыра, на шурупчике прикручивается сдвижной круглый кусочек другой крышки или что-то подходящее, чуть большего размера, чем дыра. Однако, при такой конструкции, постоянно держать крышку закрытой нельзя, ей можно пользоваться только при пересадке насекомых. Если пересаживать их ежедневно или через два-три дня в новую банку, то можно новых мух не ловить, а зимой, таким образом, культура поддерживается. При комнатной температуре, на 3-4 день уже появляются личинки, которые растут, окукливаются и на 10-12 день вылетают маленькие мухи. Я скармливала их не сразу, а использовала для дальнейших пересадок с целью получения яиц. При таком методе было две проблемы, пока я не "набила руку", во-первых, субстрат пересыхал, а во-вторых, смесь сильно разжижалась в процессе жизнедеятельности мух и личинок. В первом случае я, не снимая сетки, осторожно брызгала водой из опрыскивателя на субстрат, во втором, остужала банку с мухами в морозильнике около 2-3 минут, и в субстрат втыкала кусочки картона, которые впитывали часть жижи и одновременно служили дополнительной поверхностью для окукливающихся личинок.
Поскольку мне важно было получать живых насекомых, я мешочек с мухами клала в морозильник на 100 секунд. Это время нужно рассчитывать в зависимости от температуры в камере, при сильном промораживании мухи гибнут. Для рыбок это несущественно, они и так съедят. Но если нужно получить живых мух, то нужно несколько раз проэкспериментировать с одними и теми же насекомыми, они должны быть неподвижны после охлаждения примерно в течении 30-40 секунд, тогда отхода не будет. Соответственно, пока они неподвижны, надо их быстро высыпать в аквариум/террариум. Личинки мух тоже очень ценный пищевой объект.
Ежегодно следует освежать популяцию мух, т.е. ловить "диких".
В качестве добавки в субстрат можно использовать много чего, разные фрукты, варенье, морковь, все что придет в голову. Кашу можно делать на основе белых сухарей, толокна, риса, муки. Советуют выращивать личинок на тертой моркови, говорят, замечательный получается корм для рыбок.

Статья из интернета, ссылка в конце:
Дрозофила (Drosohpylla melanogastef) - плодовая муха длиной 1,5-4 мм, служащая для кормления небольших насекомоядных рыб. Кормить рыб можно и личинками дрозофилы, размер которых не превышает 3,5 мм.

Размножают дрозофилу в стеклянной банке, закрытой марлей, на дно которой кладут корм: кусочки яблок, груш, бананов, вареные сухофрукты, сладкие, сваренные на воде каши (перловая, пшенная, рисовая). Очень полезны дрозофилы для мальков и взрослых рыб личинки дрозофил, выращенных на тертой моркови. Их легко отличить по оранжевой окраске от обычных личинок, имеющих светлый цвет.

Дрозофила улучшает окраску рыб. Яйца дрозофил можно собрать и хранить в холодильнике. Положенные затем в банку, установленную в теплое место, дрозофилы дадут новое поколение мух. Оптимальная для дрозофилы температура 20-24 °С.

На некотором расстоянии от дна банки целесообразно установить сетку из марли, натянутую на разрезанный (для возможности прохода через горловину банки) обруч, из гибкого материала (например, оргстекло), через которую на дно будут оседать части корма, становящиеся со временем жидкими, в которых могут “утонуть” личинки дрозофилы.

Интересен способ разведения дрозофил и кормление ими рыб, предложенный П. Ковалевым: “Емкостью для субстрата дрозофил (кусочки яблок, груш, бананов, вареные сухофрукты, сладкие каши, сваренные на воде - перловая, манная, рисовая) служит стеклянная банка 3 л, закрытая полиэтиленовой крышкой. Крышка состоит из неподвижного и подвижного дисков на оси, в которых имеются прорези, обеспечивающие как открытое, так и закрытое положение. Банку с субстратом оставляют на несколько дней открытой. На 2 и 3 день в ней обычно можно обнаружить взрослых насекомых, которые слетаются на запах гнилых фруктов. Банку закрывают, на крышку сверху одевают капроновый мешок (ячея не более 0,5 мм) длиной 15-20 см, которые стягивают на горловине банке резиновым кольцом. Влажность в инкубаторе не должна быть чрезмерной. Поэтому верхний диск надо повернуть так, чтобы отверстие было открыто. Оптимальная температура 20-24 °С. Через 5-7 дней дрозофилами можно кормить рыб. Отверстия совмещают. Банку легко встряхивают несколько раз. Мушки слетают с субстрата и стенок и поднимаясь вверх попадают в мешок. Когда необходимое количество мушек собираются в мешке диск закрывают. Постукивая по низу мешка пальцем мушек сгоняют в верхнюю часть мешка, нижнюю часть закручивают и мешок снимают с банки. Его опускают в холодную воду и обильно смачивают. Насекомые намокают и от холодной воды впадают в оцепенение. Их пинцетом переносят на поверхность воды аквариума. За 2-3 дня в 3 литровой банке можно получить 100-300 мушек. При снижении продуктивности добавляют субстрат. Культуру заменяют через несколько месяцев”.

Следует добавить, что в крышке должно быть отверстие закрытое марлей для обеспечения газообмена Существуют и более сложные рецепты для мушек дрозофил, которые позволят стабильно получал более полноценных в пищевом отношении дрозофил.
http://aqua-room.com/2007/12/07/drozofila/

Статья из интернета, ссылка в конце:
Разведение D.melanogaster в больших количествах

Павел Марданов;
Дарья Копытова
Институт Биологии Гена;
группа экспрессии генов.

Для начала работы необходимо иметь "стартовую" популяцию мух в количестве ~ 1-2 тысячи.

Для разведения мух используются трёхлитровые ёмкости (лучше пластиковые) с крышкой, в которой проделано отверстие диаметром ~80mm. Отверстие заделано капроном с диаметром отверстий ~0.12mm. В ёмкости заливается корм для взрослых мух (~250ml на одну ёмкость).

После того, как корм застывает, на него можно высаживать мух. При пересадке мы примариваем мух эфиром. Для оценки количества мух в одной ёмкости удобно пользоваться весами (в среднем, масса одной мухи ~1mg). В одной трёхлитровой ёмкости должно быть не больше 3000 - 3500 мух (при большем количестве получается явное перенаселение и не происходит увеличения количества мух нового поколения). В этом случае можно рассчитывать получить 4000 - 6000 мух нового поколения. После того, как мухи были пересажены, ёмкости с ними необходимо поставить в помещение, в котором поддерживается температура 25oС, влажность 70-75%, а также чередование двенадцатичасовых "дня" и "ночи".

В последующие несколько дней необходимо ежедневно пересаживать мух на новый корм в новые ёмкости, где они будут по-прежнему откладывать эмбрионы.

Комментарии
* "Стартовая популяция" либо разгоняется из нескольких мух, либо специально поддерживается на температуре 18oС. При 18oС мухи живут по замедленному жизненному циклу и их достаточно перебрасывать на новый корм раз в 2-3 недели.
* Количество корма подбирается эмпирически. Важны следующие параметры:
1. корм не должен быть текучим;
2. личинки должны разрабатывать его по возможности весь;
3. он не должен быть очень твёрдым (зависит от количества и качества агара), иначе личинки не смогут его разрабатывать (см. "Выявленные проблемы").
* При пересаживании мух из одной ёмкости в другую удобно их примаривать при помощи ваты или марли, смоченной в эфире. Вата прикладывается к отверстию в ёмкости, а сама ёмкость держится на боку, чтобы мухи не падали на корм, к которому могут прилипнуть. Постукивая по стенкам, мух стрясают в нижнюю часть ёмкости. Далее пёрышком мух сметают в новую ёмкость. На этом этапе могут вызвать проблемы отслаивание корма и влажные стенки ёмкости (см. "Выявленные проблемы").
* Мы проделывали эту процедуру в течение 7 дней, пересаживая ежедневно мух из четырёх ёмкостей. В каждой ёмкости находилось в среднем по 4000 мух. При этом удавалось получить популяцию примерно в 130000 - 150000 мух. Для сбора эмбрионов мы используем мух от первых 6 перебросок. Те ёмкости, на которые мухи были посажены на 7 день, в дальнейшем используются для поддержания будущей "стартовой популяции".
* Обычно на 3-4 день в корме становятся видны молодые личинки (см. "Выявленные проблемы"). На 6-7 день личинки начинают выползать на стенки ёмкостей и окукливаться (см. там же.) Взрослые особи вылетают на 10-11 день. Удобно синхронизовать вылет мух от всех перебрасываний. Этого можно достичь, поставив ёмкости с отложенными ранее эмбрионами на 18oС на несколько дней.

Выявленные проблемы
Ситуация Что имеет смысл делать
Личинки есть, но они не могут разрабатывать корм. 1. Мы пробовали мазать корм сверху нетолстым слоем нового корма, но без агара. Личинки сразу становятся заметны и подвижны. Этот способ "реанимации" плох тем, что стенки ёмкостей сильно увлажняются. В дальнейшем при перебрасывании мух могут произойти большие потери.
2. Проверить концентрацию агара в корме.
Стенки ёмкостей влажные. Подсушить стенки ёмкости либо протерев фильтровалкой, либо вентилятором, стараясь не сильно повредить мух.
От дна ёмкостей отслаивается корм. Не дать корму придавить мух.
Личинкам на стенках не хватает места и они, не выползая, окукливаются на корме. Можно вставить в корм картонки, обёрнутые в Saran Wrap, чтобы личинки могли окуклиться на них. Важно, чтобы предлагаемая личинкам поверхность не обладала бы большой гигроскопичностью.
http://www.google.ru/url?q=http://www.molbio...