Любой обустроенный аквариум становится жилищем для разнообразных организмов, которые являются потенциально патогенными для рыб. В аквариуме эти организмы могут присутствовать в одном или нескольких местах. Они могут свободно плавать в воде, скапливаться на субстрате или на водных растениях, а также на теле или в теле рыб. Несмотря на присутствие этих организмов, они не всегда представляют собой непосредственную угрозу здоровью - возможно, из-за того, что не способны атаковать здоровые ткани или иммунная система рыб держит их количество под контролем. Однако они могут начать усиленно размножаться и вызвать болезнь, если здоровье рыб или их иммунитет будут подвергаться риску из-за различных травм - таких как раны, хронический стресс и т. п. Возможно, самая распространенная причина - неблагоприятные параметры воды (см. главу 21, разделы 1.6.1, 1.5.2, 1.1-1.3 соответственно). Такие патогенные организмы и паразиты называются "условно-патогенными".

Для предотвращения заболеваний нужно поддерживать оптимальные условия окружающей среды и избегать стрессов (см. главу 21, раздел 1.5.2). Здоровая среда обитания и минимальный уровень стрессов дадут иммунной системе рыб возможность работать эффективно и своевременно отражать атаки условно-патогенных организмов и паразитов. В некоторых случаях массовое размножение потенциально патогенных организмов можно активно подавлять путем поддержания в аквариуме хороших гигиенических условий и высокого качества воды. Кроме того, карантин (см. ниже) в значительной мере поможет избегать занесения в аквариум условно-патогенных организмов и паразитов, тем самым снижая вероятность заболевания рыб.