У криптокорин почти не встречается заболеваний. Единственная серьезная и распространенная болезнь, которая известна, вызывается слишком большим или малым количеством элементов питания и ведет к гниению листьев. Недостаток питания, в большинстве случаев недостаток железа или марганца приводит к пожелтению и деформированию листьев. Избыток удобрений, в большинстве случаев чрезмерное количество нитратов, также вызывает деформацию листьев, а в экстремальных случаях приводит к гниению листьев и, вероятно, к отравлению.

У криптокорин нет защитной ткани, но зато ими вырабатываются особые вещества. При нормальном состоянии растений их листья не увядают, а только растворяются. При отравлении нитратами погибают клетки в листьях и чем больше погибнет листьев, тем меньше органических веществ могут переработать растения, что усиливает действие яда. Небольшое изменение среды в аквариуме, например, новый корм или изменение температуры или освещенности, может быть началом лавины, которая постоянно растет и оканчивается катастрофой. В течение нескольких дней такое гниение листьев может полностью опустошить аквариум. Единственный выход при этом - обновить воду, затем посадить несколько быстрорастущих растений, как например, гигрофилу или роталу.

Недавно во Франции был обнаружен гриб Cylindrocarpontenue, паразитирующий на подводных экземплярах Cryptocoryne x willisii и Cryptocoryne beckettii. Его нападение заключается в том, что на листьях появляются сначала желтые пятна, а затем листья растворяются. Болезнь проявляется прежде всего зимой при плохих условиях освещения и питания. Действенные методы борьбы пока неизвестны.

При культивировании криптокорин над водой возможно поражение различными плесневыми грибками. От большинства из них можно избавиться обычными препаратами, как например Benlate (5г на 10л воды). Также оранжерейная культура может быть поражена тлей, от которой можно избавиться такими средствами, как, например, Pyrosol (40мл на 10л воды). При применении средств борьбы с грибками и насекомыми следует соблюдать осторожность, так как они ядовиты для рыб, поэтому сначала надо проверить действие самого слабого раствора.