Вот как сделано у меня

на фото слева - снизу смесь песка и голубой кембрийской глины, на фото справа, снизу также песок+глина, дальше земля, сверху песок. Все зависит от того - что Вы хотите от своего аквариума. Если это первый опыт - рекомендую ограничится песком+глина в качестве нижнего слоя (1 см не более). Песок для нижнего слоя не промывать. Свой я брал на Оке.

Я новичок, по этому мои советы можете не воспринимать как руководство к действию. Делюсь опытом.
Дело в том, что я тоже готовлюсь к запуску аквариума примерно 200л. Сейчас стою перед выбором сделать земельный или на субстрате TETRA Plant ComleteSubstrate. Первое более интересно, второе вроде бы для новичков лучше, проверенный вариант.
Сейчас у меня в обоих аквариумах (25л и 40л) много живых растений. Грунт - обычный гравий размером до 5мм. Растения хорошо растут и, как вы сказали, в камушках. Большую часть питания они получают из воды.
Вариант с горшочками... А зачем? На мой взгляд не красиво. Даже в аквариуме с золотыми у меня растения в грунте, некоторые привязаны к коряге, а некоторые к большим камням. Так смотрится лучше. А уж если планируете "культурных" рыб то уж тем более растения в грунте (не в горшочках) будут смотреться лучше.