Циркуляция воды выполняет важную функцию для фотосинтеза растений. Поэтому нужно обращать внимание на то, чтобы аквариум с растительностью обеспечивался необходимой циркуляцией воды. Она особенно важна, когда в аквариуме не очень много рыб и начинается стагнация воды. Следует учитывать, что требования отдельных растений к движению воды весьма различны. Выводы можно сделать из экологических данных, приводимых в описании отдельных видов.

Необходимая циркуляция воды достигается, как правило, лучше всего с помощью фильтра. В аквариуме объемом примерно от 500 л целесообразно использовать два фильтра, один их которых функционирует медленно и работает биологически, тогда как другой обеспечивает механическую очистку и одновременно осуществляет циркуляцию воды. Отключение фильтра на ночь, как это иногда рекомендуется, является жестоким обращением с рыбами вследствие наступления быстрого дефицита кислорода, прежде всего в густо засаженном растениями аквариуме. А в результате застоя воды приводит к негативному воздействию на газообмен и обмен веществ у растений.