Криптокорины имеют разную форму в зависимости от внешней среды; поэтому для точного определения рода редко бывает достаточно признаков одного лишь габитуса. Важнейшим критерием различения видов являются соцветия. Их редко можно увидеть под водой (исключения С. affinis, С. cordata). Поэтому криптокорины, как правило, необходимо содержать при низком уровне воды, либо выращивать в качестве наземных растений в очень влажной атмосфере. Тогда некоторые виды легко зацветают (например, С. becketii, С. cordata, С. wendtii), с другими же требуется большое терпение, а также необходимы соответствующие знания об их особенностях.

Соцветие состоит из кроющего листа (покрывала) на цветоносе у основания покрывало расширяется в камеру. В ней спрятаны органы цветков (kryptos (греч.) — скрытый, спрятанный и koryne (греч.) — початок). Далее покрывало продолжается узкой трубкой, и у ее отверстия расширяется, образуя пластинку. Исключение составляют С. spiralis, так как у нее отсутствует трубка между камерой и пластинкой покрывала.

Строение камеры особенно интересно: на початке в нижней его части вкруговую располагаются 4—8 женских цветков, сразу за ними несколько маленьких ароматических подушечек, за ним обычно следует голая часть початка, на конце которого мутовкой друг над другом располагается более или менее большое число мужских цветков. Камера и трубка перекрываются подвижным клапаном (кожистым листочком).

Цвет, форма и структура поверхности кроющего листа образуют наиболее яркие признаки соцветия. Его пластинка может быть прямой или согнутой, заостренной или хвостовидной, плоской или закрученной, гладкой, шершавой или сморщенной. В большинстве случаев лепесток покрывала, у которого в области отверстия, переходящего в трубку, в зеве имеется более или менее явственный воротничок, ярко окрашен и играет важную роль для привлечения насекомых.

Окраска лепестка покрывала долгое время рассматривалась как один из важнейших отличительных признаков, поскольку широта диапазона вариативности некоторых видов изучена еще недостаточно. Но сборы последних лет, например С. alba, С. minima, С. pontederiifolia, С. spiralis и С. thwaitesii показывают, что окраска может сильно варьироваться и вследствие этого приобретает меньшее значение, нежели считалось ранее.