Если ставить подачу СО2 баллоном проблема решается или электромагнитным клапаном от реле или регулировкой баллона по тестам измерения содержания СО2 ( высчитывается из параметров кH и pH).
Иначе - только два варианта указанных Ваге .
1) непосредственно перел входом газа в аквариум ставить доп тройник с краником, перекрывающим выход газа вхолостую, и краник открывать на ночь.
2) запитывать компрессор от реле или включать на ночь самостоятельно.

Аэрацию включай на ночь. Довольно интенсивную. Ночью растениям тоже нужен кислород, а то расти не будут.
Или отключай брагогенератор на ночь.

У меня из баллона, раньше ночью не отключал, однажды утром все рыбы у поверхности были и тяжело дышали, пришлось срочно свежую воду из под крана лить. С тех пор посадил на таймер со светом и по ночам вместо СО₂ воздух подключаю на реактор-распылитель. А выгаживания углекислоты ночью не бойся - растения ведь тоже не сразу начинают фотосинтезировать со включением света, и концентрация СО₂ за это время плавно поднимается до нужнолго значения.