Ну вообще не чистить канистровый 5-6 лет- жестоко однако, фильтр жалко. За такой срок не только губки а любой субстрат сгниет, забьется и выйдет из строя. Тут не в самих водорослях дело ИМХО, а в продуктах распада фильтрующих материалов и запушенности мульмовых обрастаний. Я бы посоветовал еще и шланги все заменить, поскольку это уже не резина , а задубевшая пластмасса и без замены до потопа рукой подать.

Скорее всего это диатомовые водоросли, которые часто тоже называют бурыми. Какой грунт в аквариуме?

Ну реально мы их убрали только из камеры где крыльчатка крутится и с самой крыльчатки, а то ей там уже и крутиться негде было - оттуда и звуки появились. А губки просто невозможно было из контейнеров вытащить не сломав, поэтому их и заменили. Синтепон вообще представлял собой однородную массу похожую на очень темный кирпич, и если бы не небольшие щели между ним и стенками контейнера, то фильтр вообще бы перестал работать...

Может водоросли и бурые, но в снятом состоянии очень похожи на накипь от чайника... (и это при практически нулевой карбнатке).