Тело рыбы можно условно разделить на три отдела: голову, туловище и хвост. Как уже упоминалось, у большинства пресноводных аквариумных рыб скелет состоит из настоящих костей - в противоположность хрящевым скелетам более примитивных рыб (акул, скатов и представителей родственных им семейств).

Скелет рыбы в основном состоит из черепа, позвонков (составляющих спинной хребет), ребер и плавниковых лучей. Скелет работает как жесткий каркас, поддерживающий мягкие органы, мускулатуру и другие ткани. Мускулатура распределена в блоки, которые называются миотомами. Они способны изгибаться из стороны в сторону, формируя волнообразные движения, которые толкают рыбу вперед. Важнейшие органы рыбы - сердце, печень, почки, селезенка и кишечник. Такие органы имеются и у млекопитающих, хотя их форма и функции могут в той или иной степени отличаться. У рыб есть и другие органы, связанные с их водным образом жизни - прежде всего жабры и плавательный пузырь. Разные органы рыб и их функции подробно обсуждаются ниже.