Под дезинфекцией подразумевается погружение зараженного (или предположительно зараженного) предмета в горячую (или кипящую) воду или в раствор дезинфицирующего средства, предназначенного для аквариумов. Дезинфекцию следует применять только для удаления микроорганизмов с предметов оформления и оборудования аквариума, но не с самих рыб.

Способ дезинфекции нужно выбрать такой, чтобы он подходил для предмета, который необходимо обработать. Например, камни практически не разрушаются, чего, однако, нельзя сказать о некоторых предметах оборудования (например, пластмассовых). Иногда необходимо просто выбросить и заменить на новые те предметы, которые, возможно, были заражены. Делать это следует потому, что дезинфекция приведет к их разрушению, либо потому, что существуют патогенные организмы, резистентные к любому виду дезинфекции.