Этот термин применяют при использовании лекарственной или других форм лечения с целью предотвращения болезней. За исключением случая, когда есть опасность вторичной инфекции из-за ранения (см. ниже), как правило, нежелательно применять профилактическое лечение к тропическим пресноводным рыбам и аквариумам. Аквариумисту не следует лечить своих рыб на всякий случай - вдруг они заражены патогенными организмами или паразитами! Многие лекарства в той или иной степени ядовиты для рыб, и их следует использовать только тогда, когда необходимо вылечить какую-нибудь конкретную болезнь.

Нет необходимости, да и нежелательно постоянно вносить в аквариум некоторую дозу лекарственных средств или использовать такие методы контроля, как обработка ультрафиолетовыми лучами или озонирование с целью уничтожения условно-патогенных организмов, которые в нормальных условиях не приносят вреда здоровым рыбам (см. выше раздел "Условно-патогенные организмы и паразиты").

Профилактическое лечение желательно проводить в том случае, когда у рыбы поврежден кожный покров. Такое лечение поможет предотвратить вторичную бактериальную или грибковую инфекцию поврежденных тканей и осмотический стресс.