Этот отряд занимает совершенно обособленное положение среди современных и ископаемых рыб. Пожалуй, ни одна группа рыб не вызывала и не вызывает такого пристального внимания специалистов. Причем палеонтологическая летопись упорно молчит: до сих пор ископаемые предки многоперов неизвестны. Неоднократные попытки сближать их с различными современными или вымершими группами рыб оказались необоснованными, и в настоящее время многоперов нередко считают самостоятельным подклассом: Brachiopterygii.