Неблагоприятные условия помимо прямого действия ослабляют организм рыб и открывают ворота инфекционным болезням. Наиболее часто заболевают рыбы из-за длительного содержания при низкой температуре. Обычно это происходит весной и осенью – в периоды, когда прекратился или не начался отопительный сезон. Повышение температуры воды до 32–35° на рыб многих видов обычно вредного воздействия не оказывает. При очень высокой температуре рыбы начинают, как правило, метаться в вертикальной плоскости, иногда даже пытаются выскочить из соды. Резкие колебания температуры также могут послужигь причиной болезни.

Недостаток кислорода может привести к смерти от удушья. Его обычно определяют по поведению рыб, которые поднимаются к поверхности воды и заглатывают пузырьки воздуха. Хуже обстоит дело, если нет заметных признаков кислородного дефицита, тогда надлежащие меры не принимаются и рыбы постепенно ослабевают. Молодые рыбы в этом случае становятся "затянутыми". Различного рода заболевания и смерть из-за недостаточного количества кислорода наступают скорее при высокой температуре воды. Заболевания могут наступить при содержании в слишком кислой или чрезмерно щелочной для данного вида рыб воде, а также в чересчур мягкой либо жесткой.

Для рада видов рыб противопоказана чрезмерная загруженность воды различными органическими остатками. С одной стороны, при разложении остатков потребляется кислород и обнаруживается его дефицит, с другой стороны, образуются продукты разложения, например соединения азота и серы, сами по себе ядовитые.

Гумивоаые кислоты снижают рН и жесткость воды, делая условия жизни неподходящими для многих видов. В то же время других рыб можно содержать длительное время в тех же условиях без видимого вреда.