Покрывало цветка образует длинную или короткую трубку, которая открывается вверху, где находится лимб, отличающийся по своей форме у каждого вида и поэтому являющийся лучшим видовым признаком. Так как большинство видов криптокорин цветет на мелководье или вне воды, то многим аквариумистам не удается увидеть их цветки, а надежно определить вид можно только по форме лимба. У отверстия трубки этот лист показывает не всегда ясное горло или его зону.

Нижняя часть покрывала цветка несколько расширяется, образуя камеру, в которой заключен початок. Название Cryptocoryne произошло от crypto = скрытый и coryne = узел. Все цветки однодомные и очень своеобразные. Внизу початка находится венчик женских цветков (4-8), которые состоят из стебельковых завязей. Непосредственно над этими цветками расположено несколько, от желтоватого до зеленоватого цвета, более или менее круглых пахучих тел. На тонкой ножке, проходящей между этими телами, сидят мужские цветки, состоящие из двух двойных бугорков. Когда цветки достигнут стадии зрелости, пыльца покидает цветки через два конусовидных отверстия. Над мужскими цветами находится маленький язычок, который может закрыть сообщение между камерой и трубкой.

После того, как раскроется лимб, вступают в действие пахучие тела, вырабатывая запахи (от сладковатого до запаха мертветчины) и привлекая им насекомых, для которых сам лимб служит местом посадки. В первый день цветок находится в женской стадии и насекомые, принесшие с собой пыльцу, могут оставить ее на завязи. Через 12 часов язычок начинает подниматься и запирает выход из камеры, которая остается закрытой также 12 часов и в течение этого времени созревают мужские цветки. Насекомые отыскивая выход попадают на верхнюю часть початка и соприкасаются с пыльцой. На третий день язычок опускается вниз и насекомые освободившись перелетают на другие цветки. Таким способом обеспечивается перекрестное опыление.

Насекомые, опыляющие криптокорины, пока еще не исследованы, но в некоторых криптокоринах, растущих в естественных условиях, найдены маленькие мухи.

Точно неизвестно, как насекомые находят дорогу к криптокорине во время цветения, но можно предположить, что сначала они руководствуются запахом, а уже подлетев - внешним видом растения.

После опыления плод очень быстро развивается, почти достигая своей полной величины, но остается еще незрелым и лишь через 1/2 - 3/4 года он созревает. В течение нескольких дней плодоножка вырастает до 10см в длину, так что плод оказывается над поверхностью. Затем лопается коробочка и высыпаются семена, которые покрыты тонким слоем воска, дающим им возможность непродолжительное время плавать. Вероятно, семена выбрасываются при понижающемся уровне воды, благодаря чему они не распространяются далеко от растений.

После того как коробочка раскрылась, семена несколько дней прорастают, затем образуют корень и одновременно первые листочки. В некоторых случаях семена начинают рост еще находясь в коробочке.

Строение цветков также дает хорошие систематические признаки, например форма завязи и пестик, количество и форма мужских цветков, внутренняя форма камеры, в том числе круглые впадины в ее стенках, назначение которых пока неизвестно. Внутренние стенки камеры могут быть роскошно окрашены, образуя красивый контраст со светлыми цветками.

Форма и окраска лимба является важнейшим признаком для классификации вида. Это отличие чаще всего постоянно и может быть легко установлено. Наряду с этим у некоторых видов имеются известные вариации, но все же по лимбу легче узнать отличия и совпадения, чем, например, по листьям.

У некоторых видов имеется прикорневой лист, правда часто только в сочетании с цветком. Это маленькая, тонкая, похожая на черешок листа форма, находящаяся у стебля цветка. Его можно увидеть прежде чем появится сам цветок.