У криптокорин имеется более или менее горизонтально расположенное корневище, на котором листья растут по спирали. Лист состоит из черешка и листовой пластинки от ланцетовидной до сердцевидной формы. Форма и цвет листа являются характеристикой отдельных видов, так что если определен вид растения (при помощи цветка), то по нему возможно узнать другой экземпляр этого вида при помощи листьев.

Внутри отдельных видов существуют варианты в форме и окраске листьев, причем у некоторых видов природная область вариантов может быть очень велика. Надводные листья, как правило, более мощные чем растущие под водой. Первые также меньше, чем вторые, хотя есть и исключения, например, Cryptocoryne walkeri, Cryptocoryne parva и Cryptocoryne albida.

Если растение, произрастающее в надводном положении, полностью погрузить в воду, то оно сначала заменяет старые листья новыми и лишь затем через некоторое время продолжает рост. Когда растение погружают под воду оно первое время выглядит болезненным, так как старые листья один за другим желтеют и вянут, а новые появляются очень медленно. Если корневище в порядке, то вскоре получают хороший, сильный экземпляр.

Криптокорины хорошо размножаются вегетативно посредством растущих под грунтом ползучих побегов, которые достигают в длину от нескольких сантиметров до полуметра (только Cryptocoryne ciliata имеет надгрунтовый побег). Этот способ вегетативного размножения имеет огромное значение для аквариумистов. В течение года таким образом можно от одного растения получить 5-10 новых, хотя конечно, некоторые виды размножаются быстрее и легче других.

Ползучие побеги почти у всех видов имеют одинаковое строение, хотя их длина может быть очень различна; также отличаются они и по количеству в зависимости от вида криптокорины. Так, например, Cryptocoryne thwaitesi имеет очень короткий ползучий побег, благодаря чему выглядит компактной, в то время как Cryptocoryne spiralis образует побег до полуметра длиной. Таким образом форма ползучего побега определяет внешний вид и рост растения и различна для отдельного вида.

Корни растут на корневище или на ползучем побеге в том месте, где появляются листья. Как корни, так и листья расположены на горизонтальном корневище вплотную друг к другу. У одних видов корни более мощные, у других - менее. Так, например, Cryptocoryne beckettii и Cryptocoryne retrospiralis обладают мощным корневищем, в то время как виды с Борнео, как правило, имеют слабое корнеобразование.