Следующий важный показатель - это наличие в воде азота и его соединений.

Соединения этого газа крайне нужны растениям и другим биологическим организмам. С другой стороны, они могут оказать сильное токсическое воздействие. Так, аммоний в аквариуме образуется в результате гниения органических остатков (корма, частей растений, трупов рыб), содержащих органические соединения азота, и может отравить обитателей аквариума. Собственно, процесс гниения и называется аммонификацией. В ходе этого процесса сложные азотсодержащие вещества превращаются в аммиак и воду, а аммиак может быть усвоен как минеральное вещество растениями.

Большинство рыб выделяет аммоний через жабры, на поверхности которых происходит обмен его ионов на необходимые клеткам организма рыб ионы натрия.

Когда аквариум перенаселен, вода регулярно не подменивается, животные не могут избавиться от избытка аммония, который постоянно накапливается в организме в ходе азотного обмена. Ионы аммония и аммиака проникают в избытке через мембраны и вызывают отравление клеток, а затем и всего организма. При высоком показателе рН более токсичен аммиак, следовательно, сдвига этого показателя в щелочную сторону допускать не следует. При низком содержании кислорода оба компонента аммония становятся еще более токсичными, значит, аэрация и фильтрация воды постоянно необходимы. Когда в перенаселенном аквариуме с несменяемой водой возрастает содержание аммония в результате обменных процессов и выделений, у рыб учащается дыхание даже при аэрации, но резко падает захват кровью молекул кислорода. А снижение кислорода в крови вызывает нарушение кислотно-щелочного баланса в организме.