Единственным плавающим растением тектонических озер является водяной салат, Pistia stratiotes. Но открыто произрастает только там, где заливы и острова создают известную защиту от волн. Но и там она не встречает идеальных условий для жизни и из-за прибоя. Все остальные водные растения в оз. Танганьика и Малави растут исключительно под водой и либо укореняются в грунте, либо свободно плавают над ним.

Как в Танганьике, так и в Малави чаще всего встречаются популяции Vallisneria spiralis var. denseserrulata. Средой обитания валлиснерий являются песчаные, а также переходные зоны к галечнику и скалам. Растения произрастают на глубине 0,5—4,0 м (изредка до 6 метров) и крепко укореняются в песчаном дне. Они встречаются как растущими между камней, так и в открытых песчаных бухтах, чей пляж после шторма нередко бывает усеян листьями валлиснерии. У этих растений по сравнению с экземплярами Vallisneria spiralis, культивируемых в аквариуме, очень жесткая листва, что предположительно обусловлено высоким химическим составом воды обоих озер. Помещенные в аквариум экземпляры формируют такие же мягкие листья, как и известные в аквариумистике растения, что означает, что Vallisneria spiralis по-разному реагирует на факторы окружающей среды и что речь идет об очень адаптивном и стойком виде.

Два других вида, часто встречающихся в оз. Малави и Танганьика, — это Ceratophyllum demersum (роголистник темно-зеленый) и Myriophyllum spicatum (уруть). Роголистник из всех распространенных в озерах растений проник на самую большую глубину: до десяти метров растут популяции этих растений, тогда как уруть встречается уже на глубинах примерно трех метров. Оба вида нередко стоят вместе плотными участками, не мешая друг другу расти. У обоих видов обращают на себя внимание короткие побеги, а также упомянутая у Vallisneria spiralis жесткая структура листьев, причем у них совсем иной вид, нежели у культивируемых растений. Побеги у дикого Ceratophyllum demersum очень компактные. Поскольку плотность у них явно выше, нежели у культурных растений, то они не плавают свободно в воде или на ее поверхности, отчего при сильном волнении их выбрасывало бы на берег и приводило бы к гибели, а погружаются на дно, где движение воды гораздо слабее. То, что необычный внешний вид растений был следствием их приспособления к особым условиям среды обитания, стало очевидным, когда привезенные побеги через короткое время приобрели облик культурного вида и в аквариуме всплыли на поверхность воды.

К часто встречающимся в озерах Малави и Танганьика растениям относятся также и рдесты (Potamogeton pectinatus и Potamogeton schweinfurthii). Оба вида живут, смешавшись между собой, или вместе с названными видами образуют настоящие подводные луга. Разновидности рдесты, по-видимому, занимают примерно одну и ту же экологическую нишу. Средой обитания являются закрытые песчаные заливы или районы перехода от галечника к песчаным зонам. На открытых побережьях растения полностью отсутствуют. Оба вида живут на глубине от 0,5 до 4,0 метров. Листья P. pectinatus всего один миллиметр шириной и очень жесткие, явно из-за адаптации к сильному волнению. Potamogeton schweinfurthii со стеблем до 3,5 метров длиной — самое крупное растение в этих озерах. И у этого вида жесткие и грубые листья. У Potamogeton pectinatus и Potamogeton schweinfurthii обращали на себя внимание известковые отложения на листьях, свидетельствующие об экстремальных параметрах воды в озерах.

Особенно интересным было место обнаружения Hydrilla verticillata в Ндоле Бей в южной части оз. Танганьика. Там в песчаной зоне растение образовало большую, травянистую куртину, укоренившуюся в грунт примерно на метр и почти достигавшую поверхности воды. Гидрилла мутовчатая хорошо известна в аквариумистике, однако габитус растений под этим именем из танганьикского озера все же значительно отличается от культурных. В Ндоле Бей автор нашла также и Najas horrida, растение, выделяющееся своим необычайным внешним видом. В оз. Малави было местоположение травянистых куртин Najas marina ssp. armata в тростниковой зоне в окрестностях Монки Бей. Хотя Hydrilla verticillata, Najas horrida и Najas marina ssp. armata в этих озерах являются редкими видами, в этой местности они, похоже, широко распространены.

У всех встречающихся в этих озерах водных растений следует отметить жесткую структуру листьев и стебля, что свидетельствует об их адаптации к особым местным условиям.

В отличие от многочисленных эндемически обитающих цихловых, в озерах все же нет эндемически распространенных растений, а наоборот, только те виды, которые благодаря своей приспособляемости нашли широкое распространение.