Череп рыб состоит из большого количества хрящей и костей. Он представляет собой черепную коробку, где находится головной мозг, и челюстно-жаберный скелет под нею.

Позвоночник складывается из различного числа двояковогнутых позвонков. Все они имеют сверху пару отростков, образующих поверх всего позвоночного столба канал, в котором расположен спинной мозг. Различают туловищный и хвостовой отделы позвоночника. В первом к парным поперечным отросткам позвонков прикреплены саблевидно изогнутые ребра, охватывающие брюшную полость.

Органы дыхания – жабры. С их помощью рыба извлекает из воды растворенный в ней кислород.

Кишечник обычно слабо разделен на отделы. Специфичны для рыб слепые выросты – пилорические придатки (1–200 штук), открываются они в начале средней кишки, сразу же за желудком.

К кишечнику примыкает снабженная желчным пузырем и имеющая вид лопасти печень.

Маленькие дольки вырабатывающей инсулин поджелудочной железы прилегают к желудку или вкраплены в печень.

Сердце находится в передней нижней части тела сразу за жабрами. Состоит из предсердия и желудочка. Гонит только венозную кровь, накачивая ее в жабры, откуда, обогащенная кислородом, она поступает в различные органы тела. У рыб (кроме двоякодышащих) только один круг кровообращения.

Почки выглядят как темно-красные ленты – расположены они прямо под позвоночником, в верхней части полости тела.

Между ними и кишечником находится заполненный газами плавательный пузырь. Он выполняет функции гидростатического аппарата (удерживает рыбу на нужной ей глубине), регулирует газообмен, а у некоторых рыб служит еще и резонатором звука. У многих донных и у быстро плавающих по вертикали рыб плавательного пузыря нет.

Половая система: у самок – мешковидные яичники (или ястыки), у самцов – лопастные беловатые семенники (или молоки). Те и другие имеют выводные каналы, которые открываются наружу на мочеполовом или особом половом сосочке, позади заднепроходного отверстия.