Некоторые виды Ceratophyllum и Utricularia при ближайшем рассмотрении (из-за отсутствия у них корней) можно признать "настоящими" водными растениями. В качестве типических признаков они обладают тонкими, нередко рассеченными и нежными водными листьями, функция которых — увеличение поверхности. У подводных растений очень тонкий слой эпидермиса (верхнего слоя), облегчающий им поглощение газа, воды и питательных веществ. Слаба также и механическая ткань стеблей и листьев. Если посмотреть поперечный разрез подводного стебля — в качестве наглядного примера подходят Аmmаnnia или Limnophila, — то сразу бросятся в глаза ярко выраженные межклеточные структуры: четко видны воздуховоды и воздушные камеры, обеспечивающие хорошую диффузию газа. По одному этому признаку можно научиться довольно легко различать водные растения и выросшие под водой болотные растения.

Характерным отличительным признаком водных растений являются и прозрачные (просвечивающие) листовые пластинки, например, у различных видов Aponogeton. Другие растения структурой своих листьев адаптировались к быстрому течению воды естественных ареалов, в результате чего они формируют ленточные и узкие листья, например некоторые виды родов Crinum, Cryptocoryne и Vallisneria.