Этот отряд занимает совершенно обособленное положение среди современных и ископаемых рыб. Обнаруживая немало древних черт в строении отдельных органов, многоперовые одновременно с этим обладают целым рядом таких морфологических особенностей, какие не встречаются ни у одной группы рыб (например, строение опорного скелета грудных плавников и строение спинных плавников). С тех пор как знаменитый Сент-Илер, опубликовавший свое описание бишира (Polypterus bichir) в 1802г., ознакомил научный мир с этой группой рыб, крупнейшие морфологи, эмбриологи и палеонтологи пытались разгадать тайну ее происхождения. Пожалуй, ни одна группа рыб не вызывала и не вызывает такого пристального внимания специалистов. Разрешение этой задачи затрудняется тем, что палеонтологическая летопись упорно молчит: до сих пор ископаемые предки многоперовых неизвестны.

Неоднократные попытки сближать многоперовых с различными современными или вымершими группами рыб оказались необоснованными, и в настоящее время их нередко считают самостоятельным подклассом: Brachiopterygii. В этом отряде только одно семейство – многоперовые.