Цветки эхинодорусов обоеполые, то есть в каждом цветке есть как мужские, так и женские органы - пыльники и тычинки. Цветки образуются на цветоножках разной дл-ины. Цветоножки иногда бывают такими короткими, что цветки становятся почти сидячими. Цветоножки бывают округлые, иногда неравномерно угловатые, реже их грани бывают перепончато продолжены, тогда говорят о крылатых цветоножках.

Околоцветник состоит из чашечки и венчика. Чашечку образуют три чашелистика. Они бывают чашевидно выпуклыми, ребристыми (число ребер у чашечки является важными признаком), иногда бородавчато-шероховатыми, порой гладкими, с более заметными, перепончато просвечивающими краями. У некоторых видов чашечка после отцветания расширяется, увеличивает свою площадь и постепенно закрывает все соплодие. У большинства видов чашечка остается примерно одной и той же величины, так что зрелое соплодие сидит в открытой чашечке.

Лепестки венчика, которые аквариумисты обычно считают собственно цветком, бывают белыми, округлыми или умеренно удлиненными, их всегда только три. В общей сложности, венчик достигает диаметра 0.7-6см, в зависимости от вида. Весьма редко у некоторых видов встречаются цветки желтые или розовые.

Цветок обычно бывает полностью открытым, реже его венчик имеет форму колокольчика. Внутри цветка находятся половые органы. Зеленые или желтые пестики образуют центр плода. У некоторых видов их малое число (6-18), у некоторых их много, всегда более 20. Столбик пестика бывает порой коротким, достигая приблизительно 1/3 длины самого пестика, иногда он имеет почти такую ж длину как и тело пестика. Вокруг пестика расположены желтые или желто-зеленые тычинки. В зависимости от вида их бывает 6, 9, 12, 18 или много (более 24).

Тычинка состоит из семенной нити, на которой расположен пыльник, состоящий из двух мешочков. Отношение длины нити к длине пыльника является важным для распознавания некоторых видов.

Эхинодорусы бывают самоопыляющиеся или перекрестно опыляющиеся.