Главная » Все блоги » Блог пользователя ОгнеЛо

Галопом по генетическим «европам»: Открытое письмо Сергею Апрятину или Рецензия на одно «издание»

Опубликовано ОгнеЛо в ср., 23/12/2009 - 14:54.
Рубрика:
Метки:

Сказать, что я разочарована, это ничего не сказать — слов нет... ТАКОГО псевдонаучного бреда я ещё не читывала...
Уж лучше никак, чем ТАК!
В общем, «не могу молчать» © [автора не помню]

...нельзя быть современным биологом
не зная генетики
С.Г. Инге-Вечтомов

...журнал «Генетика гуппи»... какое многообещающее название... и целевая аудитория, вроде бы, подходящая... и автор, вроде бы, кандидат биологических наук и цитолог... вроде бы, увлекается гуппи... вроде бы, имеет опыт ведения научных исследований и преподавания... вроде бы, имеет навык написания статей, в т.ч. научных...
Напомню, что автор себя позиционирует следующим образом:

Сергель :

...В 2000 году окончил биологический факультет (кафедра клеточной физиологии и иммунологии, сейчас — кафедра физиологии микроорганизмов) по специальности микробиология (специализация — иммунология).
Кандидат биологических наук по специальности «Аллергология и иммуноогия».

Старший научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии Московского НИИ медицинской экологии, преподаватель кафедры биохимии Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова (1-й Мед) с 2005 по 2008 гг.

С 1998 года по 2004 год занимался разработкой диагностических тест-систем и первой отечественной вакциной против ВИЧ/СПИДа (сейчас вакцина проходит клинические испытания).
В настоящее время занимаюсь исследованием генетических маркеров для дифференциальной диагностики доброкачественных и злокачественных новообразований предстательной железы (рак простаты, аденома и т.д.).
Более 40 научных и научно-популярных статей в отечественых и зарубежных журналах и другой печатной периодике (в том числе “Aquarium magazine”, «Аквариум», «Современный аквариум», «Рыбалка на Руси», «На рыбалку», «Иммунология», «Генетика», «Стоматология Today» и др.), 1 методическое пособие и 1 патент РФ.

свое «издание» таким:

Т.е., как минимум, можно было предположить, что нам, неофитам, расскажут понятным языком, «что, как и почему» нужно делать, объяснят непонятное... Что же мы получили в итоге?
Замечания:
1. Я, по специальности, не биолог.
2. Образование — высшее.
3. Иностранными языками — не владею.
4. Читать и пользоваться литературой — умею.
5. Орфография приводимых цитат сохранена.
6. Имеющийся объём знаний позволяет оценить данное «издание» безличностно.
7. Обижаться на данное письмо — глупо, ибо — на правду не обижаются.
8. Всем желающим принять участие в дискуссии рекомендую почитать соответствующие материалы, например:

  • Крестьянинов Ю.В., Вайнер Г.В. Сборник задач по генетике с решениями: Методическое пособие. — Саратов: «Лицей», Б.г. [он-лайн версия]
  • Лобашев М.Е. Генетика: Учебное пособие. — Л.: Изд-во Ленинградского ун-та. 1969. — 752 с.
  • Медведев Н.Н. Практическая генетика. 2-е изд., перераб. и доп. — М.: Наука, 1968. — 294 с.
  • Серебровский А. С. Генетический анализ: Монография. — М.: Наука, 1970. — 342 с.
  • Инге-Вечтомов С.Г. Генетика с основами селекции. — М.: Высш. шк., 1989. — 591 с.
  • Генетика: Уч. / Под ред. В.И. Иванова. — М.: ИКЦ «Академкнига», 2006. — 638 с.
  • Ли Ч. Введение в популяционную генетику. М.: Мир, 1978. — 557 с.
  • Барабанщиков Б.И., Сапаев А.Е. Сборник задач по генетике. — Казань, Изд-во Казанского университета, 1988. — 192 с.
  • Генетика в вопросах и ответах / Е.И. Морозова, Е.И. Тарасевич и др. — Мн.: Университетское, 1989. — 288 с.
  • Тихомирова М.М. Генетический анализ. — Л.: Изд-во ЛГУ, 1990. — 280 с.
  • Кирпичников В.С. Генетика и селекция рыб. 2-е изд. Л.: Наука, 1987. 520 с. (47,6 MB pdf)
  • Льюин Б. Гены. М.: Мир, 1987. — 544 с.
  • Сингер М., Берг П. Гены и геномы: в 2-х т. — М.: Мир., 1998.
  • Ветеринарная генетика / В.Л. Петухов, А.И. Жигачев и др. — М.: Колос, 1996. — 384 с.
  • Айала Ф., Кайгкр Дж. Современная генетика: в 3-х т. — М.: Мир, 1987, 1988.
  • Анализ генома. Методы /Под ред. К. Дейвиса. — М.: Мир,1990. — 264 с.
  • Genetic linkage map of the guppy, Poecilia reticulata, and quantitative trait loci analysis of male size and colour variation / N. Tripathi, M. Hoffmann, E.-M. Willing, Chr. Lanz, D. Weigel and Chr. Dreyer (текст на английском языке)
  • геном гуппи
Прочла первый номер — промолчала... другие — высказались:

euggn :

Журнал почитал он-лайн.

Впечатления — двойственные.

С одной стороны — земной поклон за перевод и вклад в популяризацию...

С другой — пожелание покорректнее компилировать и соблюдать общепринятые нормы в части авторских прав

и 

euggn :

когда взрослый, как любит говорить Слава — половозрелый человек, с неплохим образованием берет чужой материал (допустим, малоизвестный, широким кругам аквариумистов в России, потому что он, скажем, в оригинале — на другом языке) — он, вообще-то не должен, на радостях от великой находки, лепить его под своей фамилией и защищать, типа копирайтом (насчет ссылок и разрешений). Отчасти потому, что сам «ссылками и разрешениями» вообще не парился, а главным образом — потому, что у пишущих людей есть правила на сей счет: материал целиком — с разрешения, как перевод, выдержки — цитатой или сноской, компилляцию по источникам — с библиографией.

А иначе это называется — «воровство».

Мне же, журнал напомнил вот это:

один из вариантов известного анекдота :

— Папа, а почему, когда яблоко откусишь, оно делается коричневым?
— Дело в том, сынок, что в яблоке имеются различные химические вещества. Одно из них — железо. Так вот, когда железо вступает с кислородом, находящимся в воздухе, в химическую реакцию, получается окисление. В результате образуется вещество, которое и окрашивает яблоко в коричневый цвет.
— Папа, а с кем ты сейчас разговаривал?

замечу, что правильный ответ на заданный в анекдоте вопрос звучит так:

torontonian :

Как-то случайно выяснил, что некоторые действительно верят в это. Хотелось бы развеять заблуждение.
Яблоки темнеют совсем не от того, что в них якобы окисляется железо!
Мякоть яблок темнеет из-за окисления танинов и других фенольных соединений на воздухе. [выделено — мной, О-Л]

Прочтение второго номера лишь подтвердило сложившееся мнение.
Так, что же «не так» в рассматриваемом «журнале»?

Откроем, например, учебное пособие
Тихомирова М.М. Генетический анализ. — Л.: Изд-во ЛГУ, 1990. — 280 с.
и сравним то, чему учат биологов в вузе, с «трудами» авторов

. (8.83Mb, djvu) и
(3.94Mb. pdf), (2.39Mb. pdf)


Предупреждение:
Сергей, прошу не взваливать свои огрехи на Сторожева, вы — кандидат биологических наук [и прочая, и прочая...], В.В. — нет.
«Научная» компонента «издания» — ваша. И, к огромному сожалению, она не соответствует даже уровню первокурсника... Увы...

Постскриптум (добавлено 21.01.2010)
Факты таковы:
1. Обсуждения по СУЩЕСТВУ не получилось. И не только из-за того, что многим не понравилось моё решение публично озвучить эти вопросы. То, что авторам НЕЧЕГО ответить по СУЩЕСТВУ — очевидно. Переход на оскорбления это подтверждает.
2. Приношу свои извинения посетителям Aquaria2.RU, вынужденным читать грубости написанные некоторыми из участников этого обсуждения.
3. Если бы я знала раньше, что для одного из авторов главная проблема

hiv, 09.07.2008, 02:22 :

...Опять приходится сделать самое тяжеле в жизни - думать

то тему назвала бы не «Открытое письмо Сергею Апрятину», а «рецензия»...

В общем, я своё мнение высказала, проблему обозначила, аргументы привела — решать каждому САМОМУ.

Не имеющие отношения к проблеме мысли озвучить можно там


Добавлено 16.06.2010
Мнение Филипа Шеддока по поводу таблицы Сторожева-Апрятина можно прочитать на английском языке или воспользоваться автоматическим переводчиком, например от

  • Facebook
  • Twitter
  • Google
  • Yandex
  • VKontakte
»
« первая‹ предыдущая…111213141516171819следующая ›последняя »

Настройки просмотра комментариев

Выберите нужный метод показа комментариев и нажмите "Сохранить установки".
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пн., 04/01/2010 - 23:24.

Юр, ты не понял сути проблемы
а «обиделся и послал» как раз и говорит об ОТСУТСТВИИ аргументов «по существу»

»
Изображение пользователя Юрий Христенко.
Опубликовано Юрий Христенко в пн., 04/01/2010 - 23:14.

Марин, и ты после такого выпада хочешь получить ответ?
Я бы обиделся и послал...
Более года назад у Сергея я приобрёл гуппи "чёрный принц" - рыба великолепного качества, такой размер и окраски нужно ещё поискать и все обвинения выше не связываются между собой, получается на практике человек может, а в теории ...
Все мы люди, все ошибаемся...
Не получится, как с Русланом Иванюшиным http://amania.110mb.com/index.html, его обвинили в плагиате и в прочих грехах, а сейчас пользуются его работами ?

»
Изображение пользователя Yuri_L.
Опубликовано Yuri_L в пн., 04/01/2010 - 22:55.

Слов нет...
МОЛОДЕЦ!!!
Великолепный анализ!

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пн., 04/01/2010 - 21:54.

Выводы
неутешительны... перед нами ОГРОМНЕЙШЕЕ не паханое поле, на котором можно вырастить даже не одну докторскую диссертацию... Места, для самовыражения хватит всем...
Масса энтузиастов, готовых с удовольствием применять полученные знания...
И этот... ПШИК...

Обидно, больно и стыдно... Такие возможности и ТАК безобразно реализованы...

З.Ы. Надеюсь получить аргументированные ответы ПО СУЩЕСТВУ заданных вопросов и хочется верить, что третий выпуск не разочарует...

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пн., 04/01/2010 - 21:36.

7. «База данных» Продолжение
Не меньшее удивление вызывает и иллюстрация к этой таблице:

Если, согласно авторской таблице, верхнее фото демонстрирует «дикий» тип окраски... то какой же генотип, согласно авторскому видению, например у этих, действительно диких гуппи?

1-1 1-2 1-3 1-4 1-5
2-1 2-2 2-3 2-4 2-5
3-1 3-2 3-3 3-4 3-5
4-1 4-2 4-3 4-4 4-5
5-1 5-2 5-3 5-4 5-5
6-1 6-2 6-3 6-4 6-6
7-1 7-2 7-3 7-4 7-5

Guppy males (Poecilia reticulata) caught on a single morning from a single creek (Brooks 2002)
а также у этих, домашних?
8-1

8-2

8-3

8-4

8-5

8-6

8-7

Предполагаю, что автору не составит труда расписать все 256 табличных вариантов, как по генотипу, так и по фенотипу, с использованием решётки Пеннета для наглядности [и по самкам, и по самцам].

Все изображения принадлежат их владельцам и использованы только в качестве ознакомительного учебного примера

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пн., 04/01/2010 - 01:19.

7. «База данных»
Автор САМ проводил генетический анализ гуппи? Судя по содержанию первого же выпуска своего «издания» — нет! Т.е. мы видим авторские интерпретации неких данных, полученных, например, Сторожевым В.В. в каких-то скрещиваниях, что совершенно не достаточно для формулирования значимых выводов.

По всем вопросам «генетики окраса» нас отсылают к таблице «в которой, на основе многолетнего опыта селекции гуппи, наглядно показана корреляция между кол-вом пигментных клеток, размером пигментных гранул в этих клетках и количеством рецессивных и доминантных аллелей генов окраски в генотипе»:

Никаких вразумительных пояснений к данной таблице НЕТ, если не считать ими загадочные примечания к некоторым колонкам таблицы «новая версия» и «старая версия»... Кто их, эти «версии» и почему ввёл/отменил — неизвестно... Кто, на каком объёме, каким образом и как долго проводил те «многолетние опыты», по результатам которых была составлена эта таблица... В каких научных изданиях опубликованы результаты этих «многолетних опытов»... Как взаимосвязаны друг с другом «аллели генов» M, G, E, X, m, g, e, x и кто придумал ЭТИ обозначения? Предполагаю — автор.
Предполагаю, что все эти «пигментные гранулы» и т.п. речевые обороты являются авторской интерпретацией сведений, содержащихся в книге Gordon M. Guppies as pets. A guide to the selection, care and breeding of guppies. — Jersey City, N.J.: T. F. H. Publications, Inc.; 1955.
Хотелось бы узнать, знаком ли автор с какими-либо другими работами в данной области, например, Бриттон Г. Биохимия природных пигментов. [Пер. с англ. — М.: Мир, 1986. — 422 с., с ил.] или работами Ф. Шеддока [Philip Shaddock]?
Интересно, так же узнать, каким образом представляемые автором данные коррелируют с данными, полученными Кирпичниковым В.С. и другими исследователями.



Так же, интересно узнать, какие локусы, каких генов содержат эти авторские «аллели генов»?

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в вс., 03/01/2010 - 18:26.

6. «Учебное пособие»
Так каким же критериям должно соответствовать издание, претендующее на эту роль? А вот каким:

Буга П.Г. Создание учебных книг для вузов. — М.: Изд-во МГУ, 1993. — 224 с. (см. С. 24) :

  • ...
  • определение характера и объёма знаний, которые должны быть усвоены студентом при изучении всего курса, его тем и каждого вопроса темы;
  • ...
  • определение логической и дидактической последовательности передачи учебной информации для приобретения знаний, выработки умений и навыков, воспроизведения и использования предшествующих знаний при изучении каждого вопроса темы, каждой темы и всего курса;
  • ...
  • разработка параграфов по содержанию: разделение содержания параграфа на части и подбор для каждой части параграфа соответствующей формы выражения (текста, иллюстраций, таблиц и т.п.); оформление компонентов параграфа, т.е. содержания его частей, в единстве с формой подачи информации; моделирование познавательной деятельности студентов при изучении параграфа и использование его результатов в уточнении содержания параграфа; проектирование способов закрепления знаний и навыков и осуществления обратной связи; определение связей с другими средствами обучения;
  • ...размещение параграфов с учётом последовательности и логичности изложения учебной информации;
  • ...
Буга П.Г. Создание учебных книг для вузов. — М.: Изд-во МГУ, 1993. — 224 с. (см. С. 51 :

Нередко можно слышать от студентов, что тот или иной учебник слишком сложный для понимания или, наоборот, лёгкий. Это означает, что автор не сумел учесть одно из важнейших требований, предъявляемых к учебнику и его тексту, — доступность.
Обучение должно соответствовать возрасту, способностям и уровню развития учащихся — так можно сформулировать принцип доступности.

В рассматриваемом «издании» ничего похожего, к сожалению и разочарованию, НЕТ.

Для справки:

ГОСТ 7.60-90 СИБИД. Издания. Основные виды. Термины и определения :

61. Учебное пособие
D. Unterrichtshilfe Lehrbehelf
E. Study aid
Teaching aid
F. Manuel pratique
Traité pratique

Учебное издание, дополняющее или частично (полностью) заменяющее учебник, официально утвержденное в качестве данного вида издания

Хотя в рассматриваемом случае, это не принципиально.

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пт., 25/12/2009 - 05:13.

5. Методика проведения генетического анализа
Даже для специалистов-генетиков, что уж говорить о неофитах, рассмотрение и анализ генетики объекта предполагает использование общепринятых схем проведения работ и записи, как качественных, так и количественных показателей.









Почему-то ничего, даже отдалённо, напоминающего описанную М.М. Тихомировой методику в рассматриваемом «издании» НЕТ

Возможно, М.М. Тихомирова описывает какие-то «специальные требования»?
Вовсе — нет! Вот как их описывает другой автор:

Инге-Вечтомов С.Г. Генетика с основами селекции. (С. 17) :

Метод гибридологического анализа, заключающийся в гибридизации и последующем учете расщеплений, в законченной форме был предложен Г. Менделем. Им были сформулированы непреложные правила, которым следуют все генетики:
1. Скрещиваемые организмы должны принадлежать к одному виду.
2. Скрещиваемые организмы должны четко различаться по отдельным признакам.
3. Изучаемые признаки должны быть константны, т. е. воспроизводиться из поколения в поколение при скрещивании в пределах линии (родительской формы).
4. Необходимы характеристика и количественный учет всех классов расщепления, если оно наблюдается у гибридов первого и последующих поколений.

Ещё раз: в рассматриваемом «издании» — ничего подобного НЕТ.

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в пт., 25/12/2009 - 04:57.

4. Особенности записи проводимых скрещиваний
биологов, в вузах, учат

в рассматриваемом же «издании» мы встречаем всего лишь, недопустимые в генетическом анализе, невнятные словесные описания и красивые картинки не несущие никакой смысловой [с точки зрения генетического анализа] информации...

Конечно, учитывая интерпретацию автором общепринятой методики проведения подобных исследований до степени её полного игнорирования, получить какие-либо значимые результаты невозможно.
Перл 3.

цитата:

самка альбиноса с красными глазами и одновременно с повышенным меланином

это что за химера?
И почему, если

Сторожев В.В., Апрятин С.А. Генетика альбинизма :

Таким образом, исходя из вышесказанного, легко вывести
следующее правило:
Кол-во цветовых форм альбиносов равно количеству фоновых
(в том числе гибридных) окрасов.

то

Сторожев В.В., Апрятин С.А. Генетика альбинизма :

Все выше изложенное говорит о том, что альбиносы это не
есть фоновый окрас в прямом смысле слова, а только фоновые
окрасы под его воздействием и признак альбинизма должен быть
вынесен за скобки понятия фоновых окрасов.

Так же прошу подробно расписать вот это скрещивание:

Сторожев В.В., Апрятин С.А. Генетика альбинизма :

Проверить это не составляет труда. Например, скрестив рыбу со светлой фоновой окраской с черными глазами и серой фоновой окраской в альбиносной форме с красными глазами, в потомстве мы не получим всех рыб со светлой фоновой окраской, якобы
доминантной к альбиносам, а получим всё потомство с серой
(гибридной) фоновой окраской с черными глазами.

согласно общепринятым правилам, в т.ч. и с приведением статистических данных и расчётов по данному исследованию. И по контрольной группе тоже.

»
Изображение пользователя ОгнеЛо.
Опубликовано ОгнеЛо в чт., 24/12/2009 - 01:28.

3. Тема второго номера
Судя по тексту можно предположить, что это безграмотная компиляция из, например, Lundamark Björn Lutino — den senaste av grundfärger.
Складывается впечатление, что «автор» мало того, что не владеет предметом, он просто не понимает о чём пишет, иначе как объяснить такое:
Перл 1.

Аналогия: «по химическому составу это чистая вода, но выглядит как раствор медного купороса»...
Пояснение: Вода (H2O) — бесцветна, раствор медного купороса (CuSO4×5H2O) имеет голубую окраску.
объясните мне, дремучей, откуда берётся «меланин в фенотипе» при «полном отсутствии меланина же в генотипе»
подпись к рисунку этого не поясняет:

т.е., согласно подписи к рисунку, «лютино» — «ложный» альбинос?

Отмечу, что аналогичная мутация [лютиносы] давно известна, например, у волнистых попугайчиков:

...и корелл:

admin :

Кореллы окраса Lutino не имеют серого цвета в своем оперении, потому что их организм не вырабатывает серый или бежевый пигменты. Птичка с множеством желтых перьев, имеющая темные глаза, или же возможно небольшой участок или даже одно серое перо, не является Лютино (lutino), а считается Пестрой (Pied).

Т.е. отличие альбиносов от лютиносов наличие у последних жёлтого пигмента. Общее — отсутствие меланина у обеих цветовых морф.
Где же автор нашёл меланин? На основании каких исследований пришёл к такому выводу?

Перл 2.

напомню:

Википедия :

Рецесси́вный ген (Recessive) — генетическая информация, которая может подавляться воздействием доминантного гена и не проявляется в фенотипе. Рецессивный ген способен обеспечить проявление определяемого им признака только в том случае, если находится в паре с соответственным рецессивным геном. Если же он находится в паре с доминантным геном, то он не проявляется, так как доминантный ген подавляет его.

Как удалось получить «доминирующую рецессивную гетерозиготу» и почему автор, с такими «успехами», до сих пор, не шнобелевский лауреат?
Предполагаю, что в данном случае задействовано не менее ДВУХ неаллельных генов и, соответственно, подпись к рисунку неверна, т.к. указан только ОДИН ген. Замечу, что окраску ♂Аа нельзя назвать «промежуточной» между окрасками ♂АА и ♂аа.

Известно ли автору, что за рубежом зафиксировано, по меньшей мере, ТРИ разные формы альбинизма: тип А, тип В и тип С, которые при скрещивании друг с другом, соответственно, не дают геторизиготных альбиносов, т.к. это не разные аллели одного гена?

»
« первая‹ предыдущая…111213141516171819следующая ›последняя »

Настройки просмотра комментариев

Выберите нужный метод показа комментариев и нажмите "Сохранить установки".